Vesiclepedia（http://www.microvesicles.org）是一个免费的基于网络的DNA、RNA、蛋白质、脂质和代谢产物的汇编数据库，这些物质被检测或与细胞外囊泡（EVs）和细胞外颗粒（EPs）相关联。EVs和EPs都包含蛋白质、核酸、脂质和代谢产物，并参与很多关键生物学功能。Vesiclepedia从已发表和未发表的研究中编目了蛋白质、DNA、RNA、脂质和代谢产物。近日，来自澳大利亚拉筹伯大学的研究人员对Vesiclepedia数据库内容进行了更新，目前提供了47个EV研究中62822个条目的定量数据，数据集可以下载为制表符分隔的文件，也可以通过基于FunRich的Vesiclepedia插件访问。相关内容以“Spatial exosome analysis using cellulose nanofiber sheets reveals the location heterogeneity of extracellular vesicles”为题在线发表于11月11日的生化与分子生物学类国际期刊Nucleic Acids Research上。
细胞外囊泡（EVs）是由细胞释放到胞外空间的纳米大小的膜囊泡。众所周知，EVs被来自所有生命领域的细胞广泛分泌，从古细菌到真核生物。除了EVs，一些哺乳动物细胞据报道还会分泌胞外颗粒（extracellular particles，EPs）。在过去的二十年中，由于其信号传导能力，EVs被认为在多个病理生理过程中发挥关键作用。此外，现在已知这些信号分子不仅在个体内通过介导远程细胞之间的信号传导发挥作用，而且在介导跨物种和跨界通信方面也具有更为复杂的作用。EVs已被分类为各种亚型，其差异基于它们的发生和起源。此外，这些EV亚型在大小、货物组分以及因此而产生的功能上也存在差异。外泌体（30–150 nm）是内吞囊泡，因为它们起源于多囊内体与质膜的融合。相反，胞外体（ectosomes，100–1000 nm）起源于质膜的突出。活细胞参与外泌体和胞外体的主动分泌，而已知长时间存在的凋亡或垂死细胞会分泌凋亡小体（apoptotic bodies，50–5000 nm）。与外泌体类似，凋亡小体也是由于质膜的突出而起源。迁移体（migrasomes，500–3000 nm）由迁移的细胞释放，而大型肿瘤体（oncosomes，1000–10 000 nm）由变形性肿瘤细胞释放。在EPs中，包括exomeres和supermeres小于50 nm，其发生方式仍然未知。
图：基于发生途径，EVs的亚型被分类为各种亚型。外泌体，从30到150 nm，起源于内体途径。微囊体/外泌体，从100到1000 nm，通过细胞质膜的外突形成。迁移体是迁移细胞留下的大小为500到3000 nm的囊泡。直径达1–5 μm的凋亡小体是EV亚型中最大的类别，是在细胞死亡过程中通过细胞凋亡膜的膨胀和突出形成的。大型肿瘤体，从1到10 μm，是来源于癌细胞的大型囊泡。基于操作术语和大小，EVs和颗粒被广泛分类为大型EVs、小型EVs和EPs。在分子组成方面，EVs包含丰富多样的蛋白质、脂质和核酸，有助于它们从供体安全地传递到受体细胞。由于EVs的功能依赖于内容物，随着它们分泌的宿主细胞的病理生理条件的变化，其后续的货物也会发生变化。因此，在各种条件下列出EV货物（核酸、蛋白质、代谢产物和脂质）的目录可以帮助识别特定于组织、细胞类型或病理的EV指纹。在这篇文章中，研究人员对Vesiclepedia数据库（http://www.microvesicles.org）进行了更新，这是一个在线数据库，包含在EVs和EPs中鉴定的RNA、蛋白质、脂质和代谢产物的列表。此外，Vesiclepedia还包含从52项研究中获取的与EV和EP相关的DNA数据，其中包括167个致癌基因和突变基因的数据条目。Vesiclepedia是使用MySQL作为后台数据库，Zope内容管理系统以及Python作为连接数据库和内容管理系统的编程语言构建的组合。该网站允许用户查询或浏览数据库，以及免费下载整个数据作为制表符分隔的文件。在查询基因或浏览EV研究时，用户可以获取有关基因摘要、使用的EV分离方法、浮选密度（如果有）、EV亚型和样品来源的附加信息。Vesiclepedia中编目的货物数据通过社区注释或通过文献的手动管理获得。尽管存在专门用于外泌体或小型EV的数据库，如ExoCarta，但Vesiclepedia（http://www.microvesicles.org）包含来自EV亚型和EPs的货物。
图：Vesiclepedia页面的快照，以EV富集蛋白TSG101为例。搜索感兴趣的分子提供基因摘要页面，其中包含有关分子的数据，以及有关识别该分子的研究的实验细节，用于支持识别的Western blotting数据（如果适用），以及可能的情况下提供的基于质谱的肽段详细信息以及串联MS谱图。EV-QUANT为EV研究提供定量数据。对于感兴趣的实验，已识别的货物的定量可作为数据表提供，并且丰富的货物可视化为热图。此外，在研究中感兴趣的基因，其相对定量可以通过条形图进行可视化。在FunRich中的Vesiclepedia插件可用于自动下载用于下游分析的数据。在本次更新中，Vesiclepedia目前包含3533项EV研究，这是自2019年最后一次更新以来数据库中EV研究数量的两倍以上增加。此外，Vesiclepedia已经整合了来自56,911个蛋白质条目、50,550个RNA条目、3839个脂质、192个代谢物和167个DNA条目的数据。目前，在Vesiclepedia中有来自47项研究的62,822个条目的定量数据。总体而言，Vesiclepedia目前编目了来自56个生物体的252个样品来源。参考文献：Vesiclepedia 2024: an extracellular vesicles and extracellular particles repository. Nucleic Acids Res. 2023 Nov 11:gkad1007.外泌体资讯网 Nucleic Acids Res丨Vesiclepedia 2024——细胞外囊泡和颗粒数据库更新
