本周hzangs在最新文献中选取了11篇分享给大家，其中9篇提供中文摘要，最后一篇是一份protocol。第1篇文章主要介绍了目前液体活检领域常用的纳米传感器，虽然是同时面向循环肿瘤细胞、游离肿瘤DNA和外泌体在介绍这些纳米传感器，但也很值得目前从事外泌体液体组织活检相关检测技术研究的朋友读一读；第2篇主要介绍了目前细胞外囊泡研究领域所面临的一些技术挑战，以及解决这些技术难题所可能的途径方法；第3篇介绍了atg5蛋白在外泌体释放调控中的作用，这是少见的外泌体生成释放调控方面的报道；最后一篇是一个对细胞培养上清进行分泌组学分析方法的protocol，该方法介绍了如何区分游离蛋白和外泌体、微囊泡结合蛋白，做蛋白质组学研究的朋友可以关注一下这个protocol。相关文章的原文在周一前会发布到论坛同名贴下，需要的可以到论坛下载。
1. Nanoplasmonic sensors for detecting circulating cancer biomarkers. 用于检测循环癌症生物标志物的纳米传感器。 [Adv Drug Deliv Rev] IF=15.61 PMID：29247763
摘要：癌症生物标志物的检测代表了癌症诊断和预后的一个重要方面。最近引入了液体活组织检查的概念，通过分析从患者获得的生物体液进行诊断和预后，以检测和定量循环癌症生物标志物。与分析原发性肿瘤细胞的常规活检不同，液体活检能够检测各种循环癌症生物标志物，包括microRNA（miRNA），循环肿瘤DNA（ctDNA），蛋白质，外泌体和循环肿瘤细胞（CTCs）。在已经开发用于检测循环癌症生物标志物的各种技术中，由于灵敏度和特异性高以及仪器和操作的简易性，纳米等离子体传感器代表了一种有前途的测量方法。在这篇综述中，我们讨论了三种不同类别的纳米等离子体敏感技术（即表面等离子体共振（SPR），局域表面等离子体共振（LSPR）和表面增强拉曼散射（SERS））的相关性和适用性，循环癌症生物标志物。
PS：这是一篇介绍液体活检应用中目前常见的纳米传感器的文章。可能与外泌体的关系不是很密切，但是考虑到外泌体在未来的液体活检应用中依旧存在如何进行灵敏精准检测的问题，因此在这里也分享一下这篇文章给大家。从事外泌体相关液体活检检测技术开发的朋友可以读一读这篇综述。
2. Technical challenges of working with extracellular vesicles.细胞外囊泡研究中的技术挑战。 [Nanoscale] IF=7.76 PMID：29265147
摘要：细胞外囊泡（EV）作为液体活组织检查的主要检查标志物载体正在引起人们的兴趣，在大多数病理状况下其可用于诊断，预后和治疗指导。 这些纳米颗粒传递由其含有的蛋白质，脂质，核酸和糖等决定性信号，并且细胞外囊泡的独特分子模式决定了要传递给受体细胞的信号类型。 然而，它们的尺寸很小而且通常从患者获得的样品中细胞外囊泡的含量少分离困难，研究和表征都面临许多挑战。 本综述总结这些挑战和并讨论了可能克服它们的一些选择。
PS：同循环肿瘤细胞，循环游离DNA相并列，细胞外囊泡是目前比较热门的液体活检标志物三大信息载体之一。但是相对前两者目前细胞外囊泡的研究和应用中依旧面临着诸多困难和挑战。这篇文章汇总和介绍了目前面对的困难，并讨论了可能克服这些难题的方法。
3. Atg5 Disassociates the V1V0-ATPase to Promote Exosome Production and Tumor Metastasis Independent of Canonical Macroautophagy. Atg5可以不依赖于经典自噬通路而促进解离V1V0-ATPase来增强外泌体生产和肿瘤转移。 [Dev Cell ] IF=9.34 PMID：29257951
摘要：自噬和自噬相关基因（Atg）已被认为在肿瘤发生，肿瘤生长和转移中具有重要作用。 称为外泌体的胞外囊泡也涉及癌症转移。 在这里，我们的研究表明在Atg5和Atg16L1缺失的细胞中，外泌体的生产剧烈减少，而这一作用与Atg7和经典自噬不相关。 Atg5特异性地降低用于产生外泌体的晚期胞内体的酸性内环境，这一过程是通过除去调节性成分—ATP6V1E1从而破坏胞内体酸化所需的V1V0-ATP酶进入外泌体来实现的。 Atg5对外泌体产生的影响促进了原位乳腺癌细胞在体内的迁移和转移。 这些发现揭示了控制外泌体释放的机制，并证明了自噬相关基因可能在不依赖于自体吞噬途径的条件下促进转移的形成。
PS：从个人喜好来讲，hzangs还是比较喜欢这一类文章的。虽然现在外泌体的功能研究报道十分多，涉及领域也十分广泛，但是针对外泌体释放调控和靶细胞对外泌体内化过程的调控研究却还是很少见的。这篇文章则介绍了一个自噬相关蛋白atg5在外泌体释放调控过程中的作用，并且将这一作用与肿瘤转移联系到了一起。值得学习和借鉴哦。
4. The clinical significance of circulating GPC1 positive exosomes and its regulative miRNAs in colon cancer patients. 循环系统中GPC1阳性外泌体及其调控miRNA在结肠癌患者诊疗过程中的临床意义。 [Oncotarget] IF=5.01 PMID：29254156
摘要：结肠直肠癌（CRC）是全球癌症相关死亡的主要原因之一。最近的研究发现，在II期CRC患者中磷脂酰肌醇蛋白聚糖-1阳性（GPC1 +）血浆外泌体的水平有所增加，但是血浆miR-96-5p和miR-149的水平会降低。本研究进一步研究了III期CRC患者血浆GPC1+外泌体和血浆miR-96-5p和miR-149水平的临床意义。为了研究这些microRNA对GPC1 +血浆外泌体的作用，我们分离并纯化外泌体并通过腺病毒载体过表达人GPC1和微RNAs miR-96-5p和miR-149。 GPC1的过表达促进了上皮 - 间质转化（EMT），然后增加HT29和HCT-116结肠癌细胞的侵袭和迁移。相反，沉默GPC1表达和过表达miR-96-5p和miR-149显着地使EMT表型丧失并且降低HT29和HCT-116细胞的侵袭和迁移。 miR-96-5p和miR-149拮抗分子显着增加HT29和HCT-116细胞的侵袭和迁移。我们的研究结果表明，术前和术后循环GPC1阳性外泌体的高水平以及术前低循环miR-96-5p和miR-149暗示III期结肠癌患者处于危险的临床状态和不良预后。我们得出这样的结论：GPC1可能是III期CRC复发的生物标志物，可能参与了EMT的激活，侵袭和结直肠癌细胞的迁移。
PS：GPC1阳性（GPC1+）外泌体在血液中的丰度对胰腺癌的发生发展具有指导意义，这是引爆外泌体在液体活检领域应用前景想象空间的一篇文章，之后围绕GPC1又有多篇文章报道。这篇文章介绍了GPC1+外泌体在III期结直肠癌患者的预后评判中的参考意义。一篇发表在oncotarget上的文章，在这里推荐给大家交流参考。
5. Extracellular vesicles from mice with alcoholic liver disease carry a distinct protein cargo and induce macrophage activation via Hsp90.酒精性肝病小鼠来源的细胞外囊泡携带有独特的蛋白质内容物，并通过Hsp90诱导巨噬细胞活化。 [Hepatology] IF=11.71 PMID：29251792
摘要：酒精性肝病（ALD）的显着特征是Kupffer细胞（KC）的活化和炎性单核细胞/巨噬细胞（Mo /MØ）的招募。 ALD发病机制的这些关键细胞事件可能由细胞外囊泡（EV）介导。细胞外囊泡能够在细胞间转移包括蛋白质和miRNAs在内的生物分子，最近已经成为细胞间通讯研究的重要对象。我们假设来自ALD小鼠的循环系统的细胞外囊泡具有疾病的蛋白质分子特征，并通过激活免疫细胞来介导生物效应。与对照组（control-EV）相比，ALD（ALD-EV）小鼠的循环细胞外囊泡总数增加。循环细胞外囊泡的质谱分析揭示了涉及ALD-EVs和对照-EVs之间在炎症反应，细胞发育和细胞运动相关蛋白质的明显差异。我们还鉴定了ALD-EV中独特的重要蛋白质，这些蛋白质在对照组的细胞外囊泡中不存在。当ALD-EV静脉内注射入无酒精性肝病的小鼠时，我们发现了在肝脏的肝细胞和MΦ中摄取ALD-EVs的证据。在转移ALD-EVs之后从小鼠分离的肝细胞（而不是对照-EVs）显示MCP-1 mRNA和蛋白质表达增加，表明ALD-EVs的生物效应。与对照-EV受体小鼠相比，ALD-EV受体小鼠具有增加的F4 / 80hi CD11blo KCs数量和增加的TNFα+ IL-12/23 +（炎症/ M1）KCs和浸润单核细胞（F4 / 80int CD11bhi），而 CD206 + CD163 +（抗炎/ M2）KCs的百分比则出现降低。在体外，ALD-EV增加了Mφ中的TNFα和IL-1β产生，并减少了CD163和CD206的表达。我们发现ALD-EVs中的热休克蛋白90（Hsp90）是ALD-EV诱导的MØ活化的介质。我们的研究发现了ALD-EV的特定蛋白质标签，并且证明了循环系统中包含Hsp90的EV在调节肝中的KC /MØ激活中的功能性作用。
PS：肝脏作为动物体中一个比较大的器官，其所释放的游离分子和细胞外囊泡在循环系统中都占有一定的比重，因此从循环系统中寻找与肝脏疾病相关的标志物就成为了一种可能。这篇文章介绍了酒精性肝病小鼠血液循环系统中细胞外囊泡所携带的特异性蛋白，以及这些细胞外囊泡对酒精性肝病的影响。
6. HIV As Trojan Exosome: Immunological Paradox Explained? 外泌体——艾滋病病毒的特洛伊木马：免疫悖论的解释？ [Front Immunol] IF=5.70 PMID：29250079
摘要：尽管抗逆转录病毒药物已经得到广泛应用，但是艾滋病毒仍然是全球面临的主要挑战之一。一种有效的疫苗将是使病毒大流行结束的理想途径。但是，开发一种有效的艾滋病毒疫苗已被证明是一个目前难以实现的目标。三个主要的人类艾滋病毒疫苗试验显示出强烈的趋势暗示着疫苗接种者比对照者感染风险更高。在猕猴SIV疫苗研究中也有类似的观察结果。解释这种现象的机制是未知的。在这里，我们提出了一个模型，可以解释疫苗研究过程中这种结果和HIV发病机制的免疫学悖论：优先感染HIV特异性T细胞。这种观点的核心假设是，由于“特洛伊外泌体”HIV颗粒可以直接激活HIV特异性T细胞，增加其对感染的易感性。
PS：这是一篇阐述观点的论文。作者提出了一种假设，但是并没有通过实验加以验证。作者从接受艾滋病疫苗的受试者比对照者更易感染HIV这一现象出发，来尝试构建一个假说解释这一现象。作者认为艾滋病病毒可能利用了外泌体这一膜结构，病毒处于膜泡中，膜泡表面携带有MHC，展示艾滋病病毒特异性肽段。这样就可以激活T细胞，从而是T细胞更易被病毒感染。（hzangs免疫背景知识薄弱，具体不是很懂。有懂的朋友，欢迎留言。） 看上去确实是一个不错的假说，但是缺少了实验的验证。 病毒和外泌体确实一直有着千丝万缕的联系，值得我们投入精力去分析和理解它们之间的关系。
7. Insights into the Proteome of Gastrointestinal Stromal Tumors-Derived Exosomes Reveals New Potential Diagnostic Biomarkers. 对胃肠道间质瘤衍生外泌体蛋白质组的研究揭示了新的潜在诊断生物标志物。 [Mol Cell Proteomics] IF=5.91 PMID：29242380
摘要：发展中的肿瘤不断释放纳米尺寸囊泡，它代表了肿瘤身份的循环系统“指纹”。在胃肠道间质瘤（GIST）中，我们先前已经报道了这些肿瘤释放携带组成性激活的酪氨酸激酶（TK）受体KIT的“onosomes”。尽管TK抑制剂（如甲磺酸伊马替尼（IM））已经在临床开始应用，但是复发和转移依旧迫切需要鉴定新的肿瘤衍生分子用于解决临床监测问题。为此，我们进行了GIST衍生的外泌体（GDEs）的首次高质量蛋白质组学研究，并确定了构成核心GDE蛋白质组（cGDEp）的1,060种蛋白质。 cGDEp富含诊断标志物（例如KIT，CD34，ANO1，PROM1，PRKCQ和ENG），以及由先前在GIST中表达的基因（例如DPP4，FHL1，CDH11和KCTD12）编码的蛋白质。我们使用许多细胞系，患者来源的KIT +外泌体和GIST组织对这些蛋白质进行验证。我们进一步揭示了体外和体内衍生的GDE携带与IM反应相关的蛋白，例如Sprouty同系物4（SPRY4），过量4（SURF4），ALIX和cGMP依赖性的3'，5'-环磷酸二酯酶2A（PDE2A）。此外，我们发现循环系统中总exosome水平和exosome相关KIT和SPRY4蛋白水平在临床上也有一定的治疗价值。实际上，体内衍生的KIT+外泌体的分子表征表明与IM前水平相比IM转移患者的IM治疗后p-KITTyr719，总KIT和SPRY4的显着变化。总之，这些发现提供了对GIST衍生oncosomes的蛋白质组的第一次全面分析，并提供了一个独特的机会，使我们能够进一步了解外泌体携带的肿瘤相关标志物，有助于肿瘤发生和耐药性的研究和监测。数据可通过ProteomeXchange以标识符PXD007997获得。
PS：这是一篇介绍肿瘤病人循环系统中外泌体蛋白质组学分析研究的报道。通过全面的外泌体质谱分析阐释了胃肠道间质瘤衍生外泌体的蛋白特征，并提出了可能的潜在生物标志物。
8. What's Hot, What's New: Report from the American Transplant Congress 2017. 什么最热，什么最新：2017年美国移植大会报告。 [Am J Transplant] IF=5.67 PMID：29265693
摘要：今年在美国移植大会上汇总了临床实践以及基础和转化医学方面的重大进展。 涵盖的主题包括以最近我们对移植免疫学基础理解的进展为基础的创新临床试验。 重点领域包括：利用HCV +捐助者进入HCV受体的临床试验，新的分配政策的影响，常温灌注，脱敏的新型治疗，精准医学的尝试，异种移植的进展，线粒体和外泌体在排斥反应中的作用， 纳米医学，以及微生物对移植结果的影响。 本综述突出了会议上最有趣和最值得关注的一些演讲。
PS：这是美国器官移植大会上的报告总结，总结了在2017年移植研究领域最新最热的研究领域，其中包括外泌体在移植免疫排斥方面的作用和贡献。
9. Metalloproteinases in extracellular vesicles.细胞外囊泡中的金属蛋白酶。 [Biochim Biophys Acta] IF=5.37 PMID：28578911
PS：金属蛋白酶在多种生理和病理过程中发挥着重要作用。这篇综述汇总了细胞外囊泡中金属蛋白酶的组成和功能报道，相关研究领域的朋友可以关注一下。
10. Exosome biogenesis, bioactivities and functions as new delivery systems of natural compounds. 外泌体的生物发生，生物活性和作为天然化合物的新输送系统功能。 [Biotechnol Adv] IF=9.85 PMID：29248680
PS：一篇综述，着重介绍了外泌体作为生物分子和天然化合物运送系统的功能，同时总结了外泌体的生物发生等已知的知识，感兴趣的可以读一读。
11. Proteomic Profiling of Secreted Proteins, Exosomes, and Microvesicles in Cell Culture Conditioned Media.。 [Methods Mol Biol] PMID：29264800
摘要：分泌的蛋白质具有重要的生物学意义，因为它们可以作为受体的配体激活下游信号级联反应，或者其丰度与特定的病理状态相关，则可以用作生物标志物。 蛋白质可以作为可溶性分子或作为细胞外囊泡的一部分（即外泌体或微泡）分泌。 分泌蛋白质组的完整蛋白质组分析需要分析分泌的蛋白质和细胞外囊泡。 因此，这里描述的方法使用差速离心从条件培养基中富集微囊泡，外泌体和分泌蛋白。 然后通过基于质谱的蛋白质组学对这三个部分进行分析，以深入表征和比较细胞系的蛋白质分泌组。
PS：分泌蛋白质组学研究中如果考虑分泌蛋白是否在囊泡中，那就需要在样品处理时区分游离蛋白和囊泡蛋白。这是一篇方法学的报道，介绍了分泌组学研究中如何区分游离蛋白、外泌体和微囊泡，如何将三者分别进行蛋白质组学分析。
今天的整理就到这里。希望大家可以有所收获。大家下周见！
