前几天小编介绍了华中科技大学的老师们开发的细胞外囊泡miRNA数据库，相关报道请点击：华中科技大学发布首个大样本量的细胞外膜泡miRNA数据库。一个好的数据库可以在前期帮助我们确定要深入研究的基因，找到一个值得研究的基因可以使后期的功能和机制研究更顺利。但是目前细胞外囊泡相关的数据库还是比较少的，很多时候我们只能基于自己的芯片或者测序数据来选择基因进行深入研究，这就容易带来一定的偏差。近日华中科技大学的老师们推出的细胞外囊泡miRNA数据库为大家提供了一个进一步验证自己数据的平台。
这一数据库收录的数据比较广泛，样本量也比较大，利用这一数据库可以查询特定组织细胞来源细胞外囊泡的miRNA表达情况，也可以通过搜索特定的miRNA查询其在不同组织细胞的表达情况。我们邀请数据库的开发者对数据库的主要内容和使用做了一个简单的介绍，希望能够帮助大家更好的了解和使用这一数据库。在此感谢文章的作者刘腾博士的悉心讲解。
作者：刘腾 博士
细胞外囊泡（Extracellular Vesicles，EV）作为细胞间通讯的重要媒介，其内含物为各种疾病提供了潜在标志物，是液体活检的热门方向之一。近日华中科技大学的郭安源教授团队在Nucleic Acids Research杂志发表论文EVmiRNA: The Extracellular Vesicles miRNA Database(Liu, Zhang et al. 2018)（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA），揭示17种器官或疾病来源的外泌体或微泡的miRNA表达谱，鉴定了每种细胞外囊泡的特异表达miRNA，提供了miRNA在各种细胞外囊泡和癌症中的表达谱，miRNA的靶基因，调控通路和功能等注释信息，为细胞外囊泡的miRNA研究提供重要资源。
下面从4个方面介绍EVmiRNA使用方法：1）外囊泡的来源浏览，2）外囊泡表达的miRNA浏览，3）外囊泡特异表达的miRNA浏览，4）搜索
- 外囊泡的来源浏览
用户可进入sample页面浏览（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA/#!/browse），如下图，点击感兴趣的来源，进入详细结果页面。也可在首页的sample search中查找。
比如，我们点击B cell，得到下图，包含B cell EV表达量下载，样本总体概况，高表达miRNA表达热图，以及reference和EV提取方法等。
- 外囊泡表达miRNA浏览和查询
用户如想浏览某个miRNA在不同细胞外囊泡中的情况，可进入miRNA页面（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA/#!/mirnalist），如下图，该页面列出了所有外囊泡中表达的miRNA和对应基本信息，如果想概览某个miRNA在各种囊泡中表达，可点击对应的Detail。然后点击感兴趣的miRNA id会进入该miRNA的详细信息页面。
如上图，点击has-let-7a-5p，进入对应的详细信息页面，如下图，用户可以浏览对应miRNA的基本信息，表达谱，靶基因，调控pathway，功能和对应文献，等。
- 外囊泡特异miRNA浏览
如果用户，想查看某种细胞外囊泡的特异miRNA，可以进入Specific miRNA页面（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA#!/special），如下图，左侧点击自己感兴趣的EV或着cancer type，右侧会显示对应的特异miRNA和对应的样本参考文献。
- 搜索
用户可以在首页进行miRNA id的搜索，以及各种外泌体来源的搜索，如下图。
在Search（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA/#!/search）页面进行miRNA ID以及各种来源外囊泡miRNA表达量的联合搜索。
另外所有的数据都自由下载，提供学术使用，在docment的download部分（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA#!/document），提供了每种来源外泌体的表达量以及isoform比对的文件下载。
希望这个简单的介绍可以帮助大家更好的使用这一数据库。
