本周hzangs在最新文献中选取了8 篇分享给大家，其中4 篇提供中文摘要。第1篇介绍细胞外囊泡中tRNA片段在T细胞激活过程中的作用，丰富了我们对细胞外囊泡RNA的功能认识；第2篇是发表在JEV上的关于培养细胞用的牛血清中不同浓度的血清超离去除细胞外囊泡效果的对比，结论大家可以不必太在意，仁者见仁智者见智，但是文章提到使用没有培养过细胞的培液作为对照来检测特定RNA在细胞上清细胞外囊泡中的富集是一个很可靠的方法，这一点很值得大家借鉴；第3篇是发表在elife上介绍使用核酸条码结合cas9技术筛选参与细胞外囊泡RNA分选分泌过程基因方法。相关文章的原文在周一前会发布到论坛同名贴下，需要的可以到论坛下载
- Selective Export into Extracellular Vesicles and Function of tRNA Fragments during T Cell Activation. T细胞活化过程中选择性导入细胞外囊泡的tRNA片段及其功能。 [Cell Rep] IF=8.032 PMID：30566862
摘要： microRNA（miRNA）分选到细胞外囊泡（EV）中的发现揭示了一种新的细胞间通讯模式，揭示了细胞内膜膜区与EV分泌细胞中的小RNA之间的联系。使用两步超速离心程序分离T细胞释放的EV，我们发现与相应的细胞RNA相比，45％的tRNA片段（tRF），在EV中显着富集，而只有1%的miRNA富集。 T细胞活化诱导EV介导的一组特定tRF的释放，所述tRF衍生自tRNA的5'末端和3'内部区域而没有可变环。 EV生物发生途径的抑制特异性地导致这些活化诱导的EV富集的tRF在多泡体（MVB）内的积累。引入反义寡核苷酸以抑制这些tRF能够增强T细胞的活化。总之，这些结果证明T细胞通过MVB选择性地将tRF释放到EV中并发挥一定的功能。
PS：细胞外囊泡作为细胞间进行细胞通讯的媒介被广泛重视和研究。目前主要研究集中在细胞外囊泡携带的RNA方面，而其中miRNA是最为广泛研究报道的分子，其次是mRNA和lincRNA。而细胞外囊泡中携带的tRNA相关研究则十分少见。这篇文章介绍了T细胞来源的细胞外囊泡中的tRNA片段在T细胞的活化过程中可能发挥着一定的作用。这一报道丰富了我们对细胞外囊泡RNA成分和功能的认识。更多内容请查看往期推文：T细胞活化过程中通过细胞外囊泡选择性释放一直活化的tRNA片段
- Technical approaches to reduce interference of Fetal calf serum derived RNA in the analysis of extracellular vesicle RNA from cultured cells. 在研究分析培养细胞上清中细胞外囊泡RNA时减少胎牛血清衍生RNA干扰的技术方法。 [J Extracell Vesicles] PMID：30559953
摘要：胎牛血清（FCS）是细胞培养基的常见补充物，并且是含有RNA的污染细胞外囊泡（EV）的已知来源。由于哺乳动物物种的同源非编码RNA之间的高度序列相似性，培养基中残留的FCS-RNA可能干扰培养细胞释放的EV-RNA的分析。最近，人们对于通常使用的耗尽FCS-EV的方案是否有效去除FCS-RNA提出了质疑。此外，已知FCS-EV耗尽方案中的技术细节在实验室之间变化，这可能导致研究中FCS-RNA水平污染的差异。在这里，我们研究了EV耗尽方案的技术修改如何影响牛RNA从FCS中耗尽的效率，并确定了污染牛RNA对从细胞培养物中纯化的EV-RNA的影响。我们的数据显示各种处理方法和各种小型非编码RNA之间和之内的耗尽效率差异。重要的是，我们证明了FCS-EV耗尽方案的变化会影响EV耗尽培养基中残留FCS-RNA的数量和类型。通过使用优化的FCS-EV耗尽方案结合EV的高级纯化方法，可以减少从细胞培养基中分离的EV群体中的污染牛RNA的水平。我们还证明，检测细胞外囊泡中特定RNA的水平时需要以培养基对照样品的背景水平作为基准进行测量。这些数据强调了对现有和新型FCS-EV耗尽方法的优化和验证的需求，并敦促在出版物中准确描述这些方法以提高实验再现性。
PS：JEV发表的关于超离去除牛血清中细胞外囊泡的方法学探讨。尝试了纯血清超离、稀释成30%、稀释成10%超离10万g超离15小时。最后的结论是不同的miRNA去除程度和效率不同。最后作者的意见是稀释成30%比较好。但是hzangs认为，这个是仁者见仁智者见智的事情，从figure1的图中可以看出。一些高丰度的miRNA如miR-21等在超离后无论稀释不稀释，残留比例都比较高，而去除效果好的miRNA在纯血清超离情况下也可以去除比较好。大家不用过分纠结于到底超离纯血清还是稀释成30%的，其实按照这篇文章的思路将没有进行细胞培养的培液与细胞培养上清中超离后收得的特定RNA进行一下 对比，表明细胞培养上清中明显更多也基本就可以说明问题了。感兴趣的可以去阅读原文。
- Genome-wide interrogation of extracellular vesicle biology using barcoded miRNAs. 使用条形码miRNA对细胞外囊泡生物学进行全基因组筛查研究。 [Elife ] IF=7.616 PMID：30556811
摘要：细胞外囊泡介导相邻或远处细胞之间的生物活性分子的转移，并且这些囊泡可能在正常生理学和包括癌症在内的多种疾病状态的发病机理中起重要作用。然而，其生物发生和释放的潜在分子机制仍然未知。我们设计了人工条形码的外泌体microRNA（bEXOmiRs），使用深度测序定量监测细胞外囊泡的释放。然后，我们表达了不同的CRISPR引导RNA和bEXOmiR对，使得我们能够鉴定Cas9编辑细胞中影响bEXOmiR分泌的基因。该方法揭示了在多泡胞囊内胞吐作用中未被认识发挥作用的基因，包括Wnt信号传导在细胞外囊泡释放调节中的关键作用。将bEXOmiR报告分析与CRISPR-Cas9筛选偶联提供了一种强大且无偏见的方法来研究细胞外囊泡生物学，并且首次将核酸标签与单个膜囊泡相关联。
PS：核酸条码技术是前几年兴起的一种基因标记方法，感兴趣的请自行了解。这种方法可以通过高通量测序来跟踪被标记的基因表达和定位等情况。文章使用条码技术和cas9技术相结合来筛选细胞中调控外泌体miRNA包装的基因和信号通路，并且鉴定到WNT在其中发挥着重要作用。这一方法为我们深入 认识细胞外囊泡miRNA的分选分泌机制提供了有力的技术手段。
- Characterization of single microvesicles in plasma from glioblastoma patients. 胶质母细胞瘤患者血浆中单个微泡的表征。 [Neuro Oncol] IF=9.384 PMID：30561734
摘要：细胞外囊泡（EV）可以由肿瘤细胞释放，但对其个体分子表型和异质性知之甚少。虽然外泌体受到了相当多的关注，但对更大的微泡的了解却少得多。在这里，我们分析来自胶质母细胞瘤（GB）细胞的单个微泡（MV）和外泌体以及来自患者血浆的MV。分离来自小鼠神经胶质瘤GL261和人原代GBM8细胞系以及来自8名诊断为GB的患者和2名健康对照的血浆的EV，并进行单囊泡分析。将EV固定在载玻片上，并在单囊泡水平分析囊泡和肿瘤标志物的异质性。我们发现（i）MV是丰富的，（ii）仅少数MV表达特定的MV标记，和（iii）MV和外泌体都具有四跨膜蛋白生物标记物。使用MV捕获和染色技术，我们进一步证明（i）肿瘤MV通常小于GB患者血浆中所有MV的10％，（ii）肿瘤中存在广泛的异质性这些肿瘤来源的MV中的标记物表达也存在异质性。这些结果表明，单个MV分析可能是识别稀有肿瘤MV群体所必需的，并且这里使用的单囊泡分析技术可以应用于MV和外泌体，不需要它们彼此分离。这些研究构成了使用单一EV分析进行癌症诊断的基础。
PS：这篇文章对细胞外囊泡的异质性进行了尝试性的定性分析。文章发现微囊泡和外泌体都会有四次跨膜蛋白，微囊泡表面的标记物也存在异质性。这一研究发现为我们理解微囊泡的异质性提供了一定的视野。
- Tumor cell-released autophagosomes (TRAPs) promote immunosuppression through induction of M2-like macrophages with increased expression of PD-L1. 肿瘤细胞释放的自噬体（TRAP）通过诱导具有高水平PD-L1表达的M2样巨噬细胞来促进免疫抑制。 [J Immunother Cancer] IF=8.374 PMID：30563569
PS：这篇文章介绍了特定的细胞外囊泡亚群即肿瘤细胞来源的自噬体，发现这种自噬体可以通过诱导具有高水平PD-L1的类似于M2的巨噬细胞来促进免疫抑制，促进肿瘤进展。
- Extracellular vesicles enhance the targeted delivery of immunogenic oncolytic adenovirus and paclitaxel in immunocompetent mice. 细胞外囊泡增强免疫正常小鼠中免疫原性溶瘤腺病毒和紫杉醇的靶向递送。 [J Control Release ] IF=7.877 PMID：30557650
PS：文章使用人肺癌细胞来源的细胞外囊泡对溶瘤病毒和紫杉醇进行递送实验。发现这些细胞外囊泡能够提供一定的靶向特异性并增强治疗效果。
- RAB27A promotes melanoma cell invasion and metastasis via regulation of pro-invasive exosomes. RAB27A通过调节分泌促侵袭外泌体促进黑素瘤细胞的侵袭和转移。 [Int J Cancer ] IF=7.36 PMID：30556600
PS：RAB27A在对肿瘤的侵袭转移作用已偶见报道，同时RAB27A在细胞外囊泡的分泌调控中也发挥着举足轻重的作用。这篇文章介绍了RAB27A通过调控外泌体分泌来影响黑色素瘤细胞的侵袭和转移。RAB27A作为一个重要的功能分子，相信其对肿瘤的影响应当不仅限于外泌体相关通路，感兴趣的可以了解一下。
- Extracellular vesicles for personalized medicine: The input of physically triggered production, loading and theranostic properties. 用于个性化医疗的细胞外囊泡：物理刺激触发的生产，装载和治疗特性。 [Adv Drug Deliv Rev ] IF= 66 PMID：30553953
PS：细胞外囊泡作为药物载体的相关研究比较常见。这篇文章综述了目前我们对物理刺激如挤压、剪切力等对生产细胞外囊泡以及装载特定成分和治疗特性的影响。
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