本周hzangs在最新文献中选取了9 篇分享给大家，前4篇是最近发表在JEV上的文章，目前JEV还没有影响因子，根据同学们发文咨询SCI官方得到的回复是2020年有第一个影响因子，因此目前急需有SCI分数毕业的朋友慎重，第1篇介绍了脂肪来源干细胞释放的细胞外囊泡对真皮光损伤修复的作用；第3篇介绍了一种可以用于电子显微镜图像分析获得外泌体数量和粒径分布的软件，这里介绍给大家，给大家多一个解决问题的方法；第6篇介绍了外泌体携带的环状RNA对胃癌进展的促进作用。相关文章的原文在周一前会发布到论坛同名贴下，需要的可以到论坛下载
- Functional recovery in photo-damaged human dermal fibroblasts by human adipose-derived stem cell extracellular vesicles. 利用人脂肪来源干细胞释放的细胞外囊泡进行光损伤的人真皮成纤维细胞功能恢复。 [J Extracell Vesicles] PMID：30719241
摘要：紫外线-B（UVB）照射通过基质金属蛋白酶（MMP）的异常上调导致真皮基质合成和降解之间的不平衡，这导致整体皮肤光老化。我们研究了源自人脂肪来源的干细胞（HASC）的细胞外囊泡（EV）对光损伤的人真皮成纤维细胞（HDF）的影响。通过切向流过滤从HASC的条件培养基中分离EV，并使用透射电子显微镜（TEM），纳米颗粒跟踪分析（NTA），蛋白质印迹，微RNA（miRNA）阵列，细胞因子阵列和液相色谱与串联质谱联用进行表征（ LC-MS / MS）。使用划痕试验，ELISA和实时PCR评估EV对UVB照射的HDF的影响。微阵列显示EV富含各种miRNA和蛋白质，并且这些EV含量与广泛的生物学功能相关，包括成纤维细胞增殖，UV保护，胶原生物合成，DNA修复和细胞衰老。划痕测定显示HASC-EV增强了UVB照射的HDF的迁移能力。实时RT-PCR和ELISA分析显示，HASC衍生的EV显着抑制UVB照射诱导的MMP-1，-2，-3和-9的过表达，并增强I，II，III，V型胶原蛋白和弹性蛋白的表达。特别地，金属蛋白酶组织抑制剂（TIMP）-1和转化生长因子（TGF）-β1是参与MMP抑制和ECM合成的重要因子，在UVB照射后EV处理的HDF中被上调。总体结果表明，富含HASC衍生的EV的多种成分可以促进皮肤光老化恢复。
PS：文章介绍了脂肪干细胞来源的细胞外囊泡对于真皮成纤维细胞光损伤修复的作用。文章并未就具体的分子进行功能阐释，而是通过偏向于组学的方法解释脂肪干细胞来源的细胞外囊泡富含的RNA和蛋白质具有参与到细胞增殖、UV保护、胶原合成、DNA修复和衰老等过程。干细胞来源的囊泡对损伤修复的作用已经报道很多了，但是这个套路还不错，可以减少你实验量，点开文章你会发现，所有实验你都能搞定，其余组学的数据任何一家 测序公司都能帮你搞定，大家可以学习学习。
- Exosomes derived from clinical-grade oral mucosal epithelial cell sheets promote wound healing. 源自临床级口腔粘膜上皮细胞片的外泌体促进伤口愈合。[J Extracell Vesicles] PMID：30719240
摘要：口腔粘膜表现出独特的再生特性，有时称为胎儿样伤口愈合。我们研究所的研究人员使用口腔粘膜上皮细胞（OMECs）进行再生医学应用，包括角膜置换和食道上皮再生。在这里，我们从健康人类供体（n = 8）的临床级生产OMEC片中分离出外泌体，旨在评估外泌体刺激上皮再生的临床潜力，并提高对其作用模式的理解。从条件（cExo）和非条件（ncExo）培养基中分离外泌体。使用蛋白质印迹对常见的外泌体标记物进行表征：CD9和flotillin是阳性的，而膜联蛋白V，EpCam和污染标记物GRP94是阴性的。纳米颗粒跟踪分析显示直径为~120nm，透射电子显微镜显示相应的尺寸和球形外观。暴露于外泌体的人皮肤成纤维细胞显示出剂量依赖性的增殖减少和生长因子基因表达（HGF，VEGFA，FGF2和CTGF）的显着增加。两组的结果相似，但cExo的影响更大。为了研究粘附过程，我们将荧光标记的外泌体离体局部施用于猪食道伤口床并随后洗涤。在短至1分钟的粘附后可检测到阳性信号，但增加的粘附时间产生更强的信号。接下来，将标记的外泌体添加到大鼠的全层皮肤伤口中，并在施用后至多5天检测信号。 cExo在第6天和第17天显着减少了伤口大小。总之，来自OMEC片的外泌体显示出对皮肤伤口愈合的促再生作用。这是第一次从外泌体角度研究口腔粘膜的促进愈合能力。这些发现可能提示我们在未来通过细胞片和外泌体的组合来治疗早期食管癌患者。
PS：口腔黏膜具有一定的再生能力，因此文章作者通过使用临床应用级别的口腔黏膜细胞片来研究其来源的外泌体对伤口愈合的影响，实验发现这些外泌体可以促进多种伤口的愈合。这一报道直接研究了临床应用级别的生物材料来源的外泌体对损伤的修复，它的应用意义很大，同时也更容易应用到临床。
- TEM ExosomeAnalyzer: a computer-assisted software tool for quantitative evaluation of extracellular vesicles in transmission electron microscopy images. TEM ExosomeAnalyzer：一种计算机辅助软件工具，用于定量评估透射电子显微镜图像中的细胞外囊泡。 [J Extracell Vesicles] PMID：30719239
摘要：细胞外囊泡（EV）作为细胞之间信息的重要传递者起作用，可以用作药物递送系统或疾病生物标志物。透射电子显微镜（TEM）仍然是EV可视化的金标准方法，但是如果手动执行，TEM图像中的单个EV的分析是相当耗时的。因此，我们在此提供一种用于计算机辅助评估TEM图像中EV的软件工具。 TEM ExosomeAnalyzer根据其形状和边缘对比度标准检测EV，然后分析它们的大小和圆度。该软件工具与EV研究领域常用的负染色方案和分离方法兼容;即使是具有挑战性的TEM图像（EV比背景更亮和更暗，包含人工制品或沉淀污渍的图像等）。如果全自动分析无法产生正确的结果，用户可以手动快速调整检测到的EV及其边界。使用具有不同异质性的两个数据集和具有可变水平的人机互动的三种不同模式评估我们工具的性能。半自动模式分析同源数据集中成功率较高的EV（F1得分0.9094，Jaccard系数0.8218）以及从细胞培养基和患者样本中分离的含EV的高度异质数据集（F1得分0.7619，Jaccard系数0.7553） ）。此外，从卵巢癌患者恶性腹水中分离EV的大小分布图与通过cryo-EM得到的EV重叠，并且与NTA和TRPS衍生的数据相当。总之，TEM ExosomeAnalyzer是一种易于使用的软件工具，用于评估多种类型的囊泡微粒，可在http://cbia.fi.muni.cz/exosome-analyzer免费获取，用于非商业和研究目的。该网页还包含有关如何使用软件工具（包括视频教程）的详细说明。
PS：文章提供了一种使用电镜分析图像中细胞外囊泡形态、计数、分析粒径分布的软件。这个没有NTA的同学提供了一种解决方法。但是感觉略微鸡肋，但是也推荐一下吧，给大家多一种解决问题的方法。
- Exosomal IFITM2 transmitted to DCs inhibits IFNα pathway activation and blocks anti-HBV efficacy of exogenous IFNα. 传播至DC的外泌体IFITM2抑制IFNα途径活化并阻断外源IFNα的抗HBV功效。 [Hepatology] IF=14.079 PMID：30723923
摘要：干扰素信号传导途径中的负调节剂抑制肝内免疫应答，导致对慢性乙型肝炎（CHB）患者中干扰素-α治疗的反应不佳。鉴定关键的不利因素和阐明调节机制对于提高干扰素-α抗HBV功效至关重要。从GEO数据库中，我们下载并分析了（GSE54747）对干扰素-α具有不同反应的CHB患者的基因表达谱，并发现先天免疫状态与CHB患者对干扰素-α的治疗反应相关。通过PCR阵列分析，我们发现干扰素诱导的跨膜蛋白2（IFITM2）mRNA的水平较高，而干扰素-α治疗的CHB患者PBMC中干扰素-α mRNA水平较低。在干扰素-α无应答患者的血清中也发现了增加的IFITM2蛋白。通过进一步的实验，我们发现在Huh7细胞中过表达IFITM2通过抑制ERK，TBK1和IRF3的磷酸化来抑制内源性干扰素-α合成;敲除IFITM2可增强内源性干扰素-α合成途径的激活，对HBV复制具有更好的抑制作用。我们还发现IFITM2蛋白通过外泌体穿梭到树突状细胞，树突状细胞是内源性干扰素-α的主要来源。外泌体介导的IFITM2转运抑制了树突状细胞中内源性干扰素-α的合成，而当IFITM2被敲除时，抑制效应被消除。此外，我们证明棕榈酰化抑制剂和IFITM2蛋白的70/71位点突变均影响其掺入外泌体中。突变的IFITM2蛋白增加了干扰素-α对HBV的作用。因此我们认为外泌体介导的IFITM2转运至树突状细胞可抑制干扰素-α通路的激活，并阻断外源性干扰素-α的抗HBV功效。该研究结果解释了CHB患者对干扰素-α治疗反应不佳的具体机制。
PS：外泌体影响免疫应答过程的报道还是比较多的，这篇文章是四川大学及川大华西医院的学者们对干扰素-α治疗HBV时部分患者响应不佳所做的阐释。文章发现FITM2可以通过外泌体进入到DC细胞，抑制DC细胞的正常过程。同时寻找到了调控FITM2进入外泌体的序列。
- Amelioration of Ductular Reaction by Stem Cell Derived Extracellular Vesicles in MDR2 knockout mice via let-7 microRNA. 通过干细胞来源的细胞外囊泡携带的let-7 microRNA改善MDR2敲除小鼠的管状反应。 [Hepatology] IF=14.079 PMID：30723922
摘要：胆管炎是影响胆管细胞的疾病，胆管细胞是胆道内的细胞。肝干细胞（LSCs）能够分化成肝脏的所有细胞，并可能通过分泌信号分子影响周围的肝脏组织。细胞之间相互作用的一种方式是通过分泌细胞外囊泡（EV），细胞外囊泡是含有蛋白质，miRNA和细胞因子的小膜结合囊泡。我们评估了肝干细胞衍生的EV（LSCEV）的含量，将它们的miRNA含量与从肝细胞分离的EV的那些进行了比较，并评估了这些miRNA的下游靶标。我们最终发现了LSCs，胆管细胞和HSC之间的信号传递。我们发现LSCEVs能够减少MDR2 - / - 小鼠的导管反应和胆汁淤积性纤维化。此外，我们发现在LSCEV处理的小鼠中胆管细胞生长减少并且HSC失活。与源自肝细胞的EV相比，LSCEV中let-7大量增加。对MDR2 - / - 小鼠和人PSC样品中let-7的进一步评估显示，与对照相比，let-7水平降低。在肝脏组织和分离的胆管细胞中，let-7的下游靶标（通过独创性途径分析鉴定），Lin28a，Lin28b，IL-13，NR1H4和NF-κB在MDR2 - / - 小鼠中升高，但用LSCEVs处理抑制了NF-κB和IL-13信号通路从而降低了这些反应和胆汁淤积性纤维化。使用来自LSCEV处理的胆管细胞上清液对培养的HSC的信号传递评估显示HSC具有降低的纤维化水平和衰老的增强。总体而言，我们的研究表明施用LSCEV可能是胆管病的潜在治疗策略，LSCEVs可用于未来治疗的靶标验证。
PS：文章介绍了肝脏干细胞来源的细胞外囊泡通过传递 miRNA let-7改善小鼠导管反应和胆汁淤积性纤维化。干细胞来源的细胞外囊泡目前表现出非常强的治疗作用，这可能暗示了干细胞来源外泌体很可能是未来干细胞治疗强有力的替代策略，大家可以持续关注。这篇文章也是经典的干细胞来源miRNA的研究参考，感兴趣的可以好好读一读。
- Circular RNA circNRIP1 acts as a microRNA-149-5p sponge to promote gastric cancer progression via the AKT1/mTOR pathway. 环状RNA circNRIP1充当microRNA-149-5p海绵，通过AKT1 / mTOR途径促进胃癌进展。 [Mol Cancer] IF=7.776 PMID：30717751
摘要：CircRNA已成为一种新的非编码RNA，在肿瘤的发生和发展中起着至关重要的作用。 'miRNA海绵'是circRNAs在许多肿瘤中发挥功能的主要形式。 AKT / mTOR轴是癌症中的典型信号传导途径，其通过能量产生活动（例如Warburg效应）维持能量稳态，并阻断分解代谢活性，例如自噬。另外，AKT / mTOR轴对EMT发挥积极作用，EMT促进肿瘤转移。我们通过进行RNA-seq分析检测到胃癌中较高的circNRIP1表达。我们通过一系列生物功能测定验证了circNRIP1在胃癌细胞中的肿瘤促进作用。然后我们使用pull-down分析和双荧光素酶报告分析来鉴定circNRIP1的下游miR-149-5p。进行蛋白质印迹分析和免疫荧光测定以证明circNRIP1-miR-149-5p-AKT1 / mTOR轴负责GC细胞中代谢的改变并促进GC发展。然后我们采用共培养系统通过外泌体通讯和RIP实验追踪circNRIP1传递。最后，我们在PDX小鼠模型中证实了microRNA-149-5p在体内的肿瘤抑制作用。我们发现敲低circNRIP1成功阻断了GC细胞的增殖，迁移，侵袭和AKT1的表达水平。 抑制miR-149-5p产生的现象与GCN细胞中circNRIP1的过表达相似，miR-149-5p的过表达阻断了circNRIP1的恶性行为。此外，已证实circNRIP1可通过GC细胞之间的外泌体通讯传递，并且外泌体circNRIP1促进体内肿瘤转移。在最后一步中，在PDX模型中验证了circNRIP1的肿瘤促进作用。我们证明circNRIP1吸收miR-149-5p能够影响AKT1的表达水平，并最终在GC中作为肿瘤促进因子。
PS：目前已经有多篇报道关注到外泌体携带的环状RNA,这篇文章介绍了胃癌来源的circNRIP1通过吸收miR-195-5p促进肿瘤进展过程。
- Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells-Derived Exosomal MiR-29b-3p Regulates Aging-Associated Insulin Resistance. 骨髓间充质干细胞衍生的外泌体MiR-29b-3p调节衰老相关的胰岛素抵抗。 [ACS Nano] IF=13.709 PMID：30715852
摘要：胰岛素抵抗是2型糖尿病的主要病理特征，老年人常常发生胰岛素抵抗。然而，与衰老相关的胰岛素抵抗的深层机制仍不清楚。在这里，我们发现由老年小鼠的骨髓间充质干细胞（BM-MSCs）释放的纳米大小的外泌体可以被脂肪细胞，肌细胞和肝细胞摄取，从而在体内和体外产生胰岛素抗性。使用microRNA（miRNA）阵列测定，我们发现miR-29b-3p的量在老年小鼠的BM-MSC释放的外泌体中显着增加。机制方面，SIRT1（sirtuin 1）被鉴定为在调节胰岛素抗性中作为外泌体miR-29b-3p的下游靶标。值得注意的是，利用适配体介导的纳米复合物递送系统，下调BM-MSC衍生的外泌体中miR-29b-3p的水平显着改善了老年小鼠的胰岛素抗性。同时，BM-MSCs特异性过表达miR-29b-3p诱导年轻小鼠的胰岛素抵抗。总之，这些研究结果表明，BM-MSCs衍生的外泌体miR-29b-3p可以调节与衰老相关的胰岛素抵抗，这可能成为衰老相关胰岛素抵抗的潜在治疗靶点。
PS：目前的大部分研究认为骨髓来源间充质干细胞释放的细胞外囊泡对多种疾病过程都有治疗作用。这篇文章聚焦到老年人的胰岛素抵抗，通过小鼠模型发现，年老小鼠骨髓来源间充质干细胞释放的细胞外囊泡通过miR-29b-3p促进了胰岛素抵抗。通过一定手段降低细胞外囊泡中的miR-29b-3p可以缓解胰岛素抵抗。这些数据表明，我们对细胞外囊泡的认识还不够全面，我们依旧需要深入了解细胞外囊泡并谨慎用于临床，同时也说明我们可以通过一定的手段来改造细胞外囊泡从而达到扬长避短的效果。
- Plant Extracellular Vesicles Contain Diverse Small RNA Species and Are Enriched in 10 to 17 Nucleotide "Tiny" RNAs. 植物细胞来源的细胞外囊泡含有多种小RNA种类，并富含10至17个核苷酸“微小”RNA。 [Plant Cell ] IF=8.228 PMID：30705133
摘要：在大多数真核生物中发现长度为21至24个核苷酸（nt）的小RNA（sRNA）并且通常通过控制稳定性和/或翻译来调节许多生物学功能，包括转座子沉默，发育，繁殖和应激反应相关mRNA。植物中主要的sRNA类包括microRNA（miRNA）和小干扰RNA（siRNA）;已知sRNA作为从细胞到细胞，从根到芽，甚至在宿主和病原体之间的沉默信号传播。在哺乳动物中，sRNA在细胞外囊泡（EV）内运输，细胞外囊泡是参与细胞间通讯的移动脂质区室。除了sRNA之外，EV还携带蛋白质，脂质，代谢物和可能的其他类型的核酸。在这里，我们报告植物EVs也包含不同种类的sRNA。我们发现特定的miRNA和siRNA优先加载到植物EV中。我们还报告了以前被忽视的一类“微小RNA”（10到17个核苷酸），它们在细胞外囊泡中高度富集。这种未知功能的新RNA类别具有广泛且非常多样化的基因组来源。
PS：植物细胞来源的细胞外囊泡是目前逐渐增温的研究领域，越来越多的报道证实植物细胞能够释放细胞外囊泡并在多种生理和病理过程中发挥着重要的作用。这篇文章分析了植物细胞来源的细胞外囊泡，发现它们富含sRNA同时还富含一类15~17nt的小RNA。
- Functions of extracellular vesicles in immunity and virulence.. 细胞外囊泡在免疫和毒力中的作用。 [Plant Physiol ] IF=5.949 PMID：30705070
摘要：细胞外囊泡（EV）是脂质双层封闭的，含有胞质溶胶的球体，几乎所有的真核生物和原核细胞都会释放细胞外囊泡。 EV主要通过细胞间通信，从供体到受体细胞运送货物并调节其生理状况。 由于EV运输多种蛋白质，核酸和脂质货物，它们在多种信号传导途径中发挥作用，包括确定植物和微生物之间的相互作用结果等。越来越多的证据表明，微生物EV在调节植物免疫力方面起着重要作用。 植物来源的EV控制各种水平的微生物感染。 在这篇综述中，我们对微生物和植物来源的EV在发病机制和免疫力建立方面的重要性进行了讨论，特别关注了免疫系统的调节和植物防御。
PS：目前越来越多的研究发现植物来源的细胞外囊泡在植物的免疫过程中发挥重要功能，同时微生物来源的细胞外囊泡也在对植物的侵染和相互作用中发挥着重要作用。这篇综述文章总结讨论了这部分内容。
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